En 1661 le roi Frederik III fut contraint, du fait de ses dettes, de vendre à l’un de ses créditeurs, le marchand hollandais Gabriel Marselis certains de ses domaines au Jutland dont la ferme de Havreballegård. Deux des fils de Gabriel Marselis s’installèrent également au Danemark, dans la région d’Aarhus. L’un des fils, Constantin Marselis fit élevé le domaine au rang de baronnie qui prit le nom de Marselisborg. Par la suite la famille Marselis dut quitter Marselisborg et pendant 200 ans le domaine changea de propriétaires à plusieurs reprises.
La ville d’Århus acheta Marselisborg en 1896 et l’actuel château a été construit par l’architecte Hack Kampmann en 1899-1902. Marselisborg fut offert en cadeau de mariage au prince Christian (Christian X) et à la princesse Alexandrine et devint leur résidence d’été.
