Allerede som barn var Prinsesse Margrethe optaget af at tegne. Både mormoderen, den svenske Kronprinsesse Margareta, og en ældre slægtning, Prins Eugen af Sverige, var talentfulde og produktive kunstmalere, så det lå til familien. I Kongehusets magasiner findes adskillige af Dronning Margrethes barndoms- og ungdomstegninger, men også et par paneler som Prinsesse Margrethe havde fået lov at dekorere med kulørte fisk i en undersøisk verden på ét af barndomshjemmets badeværelser i Frederik VIII’s Palæ på Amalienborg.

I starten af 1970’erne blev Dronning Margrethe fascineret af Tolkiens Ringenes Herre og sendte uopfordret og under pseudonymet Ingahild Grathmer en serie skitser til forfatteren. Tolkien var imod alle former for illustrationer til sit værk, for læserne skulle i fantasien skabe deres egne forestillinger om bøgernes univers. Alligevel gemte forfatteren tegningerne fra den ukendte kunstner, for ved hans død i 1973 fandt man i hans frakkelomme to af Grathmers tuschskitser, mens resten dukkede op ved gennemgangen af dødsboet - flere endda med Tolkiens varme anbefalinger noteret på arkene. Kunstneren bag viste sig at være Hendes Majestæt, og da Gyldendal i 1977 genudgav Ringenes Herre, valgte forlaget at tage udgangspunkt i Majestætens flydende og drømmeagtige, jugend-inspirerede illustrationer, hvor der ikke er sat ansigter på hovedpersonerne, akkurat som Tolkien foretrak.

Dronning Margrethe har fortsat med at tegne og male siden da og arbejder i både akvarel, oliekridt og akrylmaling, der omsættes til naturalistiske og mere eller mindre abstrakte udtryk. Gennem alle årene har små skitseblokke været fast følgesvend i tasken på Dronning Margrethes rejser, så indtryk og interessante motiver, blandet med idéer til et nyt broderi, kirketekstil eller balletkostume, straks kan gemmes. Hendes Majestæt arbejder gerne i serier, hvor en idé afprøves i flere versioner over flere år. Her trækkes der på vidt forskellige inspirationskilder: naturen ude og hjemme, indtryk fra rejser eller ophold på slottene Amalienborg, Fredensborg, Marselisborg, Graasten eller Château de Cayx, Jagthuset i Trend eller Kongeskibet Dannebrog, men også arkæologi, sagn og litteratur, samt ikke mindst Dronningen Margrethes egen fantasi.

Akvarelmaleriet tog Dronning Margrethe fat på allerede i midten af 1970’erne, da Majestæten til sønnernes godnatlæsning udførte en serie på knap 50 eventyrlige illustrationer - igen til den beundrede trilogi Ringenes Herre, men denne gang i smukke pastelfarver, der også gik igen i serien Landskaber til tabte sagn. Ellers har Dronning Margrethe især brugt akvarelmaleriet, der udstyrsmæssigt ikke fylder så meget, til at fæste sine indtryk fra rejser rundt omkring i verden - ikke mindst i Grønland og Norge.

Dronning Margrethe er glad for at male i akryl på lærred, hvorved forskellige stilarter er blevet afprøvet gennem de seneste 30 år til blandt andet talrige maleriserier. Heriblandt de livsglade serier Flaget til spisesalonen på Kongeskibet Dannebrog, Årstiderne, som tilhører H.M. Kongen, Sicilianske søjler og en serie stilleben med sommerlige blomstervaser til spisestuen på Graasten Slot. Mere dramatiske og dystre motiver finder man i den ildevarslende serie Skyen og rækken af mystiske Stendysser og Hulsten. I de seneste 20 år har Dronning Margrethe især arbejdet i klare, stærke farver og i et mindre naturalistisk formsprog, eksempelvis i serierne Fra de yderste fjelde med foruroligende, tomme, grøn-blå drømmeagtige landskaber i et dystert nattemørke, serien Fra den yderste kyst, inspireret af helikopterture over færøske landskaber, og senest rækker af fantasifrugter, Egensindige frugter, og fantasiblomster og de noget kontroversielle serier i gul og skrigende pink af knogle-lignende, deforme Knokler med referencer til arkæologien.