Den nuværende Christiansborg Slotskirke blev opført af arkitekten C.F. Hansen i årene 1810-26. Den indviedes i 1826 og fungerede frem til 1926 som den kongelige families og hoffets kirke. Christian X og hans broder Carl – den senere Haakon VII af Norge – blev således i 1887 konfirmeret her, hvorimod Christian X’s to sønner, Prins Frederik (IX) og Prins Knud i 1917 blev konfirmeret i Fredensborg Slotskirke. Kirken har også senere været benyttet til dåbshandlinger i den kongelige familie. Fra 1931 til 1964 var kirken sognekirke.

I dag anvendes kirken også til den årlige gudstjeneste i forbindelse med Folketingets åbning, ligesom Musikkonservatoriet benytter den som øvelokale. I årene 1992-97 var kirken lukket i forbindelse med omfattende reparationer efter en voldsom brand forårsaget af vildfarent fyrværkeri affyret under pinsekarnevallet i 1992.