Ombordstigningen finder sted kl. 12.00 ved Bøje 1, Københavns Havn, med salut fra Batteri Sixtus. Derefter er der afsejling til Helsingør kl. 12.30 med salut fra Kronborg Slot kl. 15.00. Kongeskibet Dannebrog anløber Helsingør Havn med ankomst kl. 15.30.

Kongeskibet Dannebrog benyttes hver sommer til togter til forskellige danske byer. I 2016 gennemfører H.M. Dronningen to sommertogter i Danmark samt besøg på Færøerne med Kongeskibet Dannebrog.

De årlige sommertogter med Kongeskibet Dannebrog er en forlængelse af en efterhånden lang tradition, som går tilbage til Christian 10., der som den første konge gjorde årlige togter i danske farvande til en fast del af sit program.

Sejladsen med det nuværende kongeskib, som blev taget i brug i maj 1932, har således i 80 år været en stående del af den kongelige families aktiviteter i sommerhalvåret. Den eneste afbrydelse har været de fem år under den tyske besættelse 1940-45, hvor skibet var lagt op i Københavns Havn.

Efter besættelsen har traditionen været fortsat først af Kong Frederik 9. og efter dennes død i januar 1972 af hans datter, Dronning Margrethe, som begge har lagt vægt på at bruge skibet som udgangspunkt for en stadig kontakt med alle dele af riget både i Danmark og på Færøerne og i Grønland. Ud over de tilbagevendende besøg i danske havnebyer har skibet også været brugt ved særlige lejligheder, som fx da den daværende Kronprins Frederik (9.) i 1935 efter sit bryllup med Prinsesse Ingrid i Stockholm bragte sin brud hjem til Danmark ombord på Kongeskibet.

Skibet har også været brugt i forbindelse med statsbesøg, som fx da Regentparret i sommeren 1976 besøgte USA, herunder også de tidligere danske Vestindiske Øer. Da Regentparret i 1980 besøgte Storbritannien, gjorde Dannebrog det muligt at sejle lige ind i hjertet af den britiske hovedstad. Senest har skibet i 2011 bragt Regentparret til Skt. Petersborg i forbindelse med statsbesøget i Rusland.

Kongeskibet har spillet en vigtig rolle i synliggørelsen af monarkiet i hele landet ved bogstaveligt talt at gøre det muligt for monarken og den kongelige familie at lægge til i talrige danske havnebyer, hvorfra der kan skabes en direkte kontakt til den lokale befolkning. Som en slags sejlende slot er Dannebrog en velegnet base for Dronningens besøg i stort set alle egne af landet, som ingen steder er langt fra havet.